2021年以来，云南省药品监督管理局深入贯彻落实国务院和省政府关于推行证照分离改革进一步激发市场主体发展活力的要求，制定了《云南省药品监督管理局贯彻落实开展“证照分离”改革全覆盖实施方案》，采取实施清单管理、直接取消审批、审批改备案、精简审批材料、实行并联审批、推行告知承诺制等措施，不断深化“放管服”改革，提高审批效率，切实优化营商环境，增强了群众的满意度和获得感。
实施清单管理，将“两品一械”全部涉企经营许可事项纳入清单管理，清单之外，一律不得设置限制条件。直接取消审批，在全省范围内直接取消１项事项，即药品委托生产审批；在云南自贸试验区试点取消３项事项，即医疗机构使用放射性药品（一、二类）许可、药品零售企业筹建审批、药品批发企业筹建审批。审批改备案，在云南自贸试验区试点将２项涉企经营事项改为备案，即药品互联网信息服务审批、医疗器械互联网服务审批。精简审批材料，优化办事流程，在全省范围内对涉及“两品一械”的“药品生产许可”“化妆品生产许可”“第二类、第三类医疗器械生产许可”等20个事项采取精简审批材料、优化办事流程、压减审批时限等措施优化服务，提高审批效率，减轻企业办事负担。即办事项调整到22项占21%，时限压缩60%。实行并联审批，对同一企业同时变更几个事项（不含中等以上变更事项），实行一次申报一次办理变更，不再分事项分别重复提交申报办理。
为优化行政审批程序，完善监管方式，提高行政效率，积极推行告知承诺制。制定《云南省药品监督管理局行政审批告知承诺管理办法》及告知承诺书文本，在全省范围内对药品互联网服务资格证书、医疗器械互联网服务资格证书、医疗机构购用放射性药品（一、二类）3个审批事项实行告知承诺制。在云南自贸试验区试点对化妆品生产许可延续事项实行告知承诺制。申请企业作出承诺并按要求提交材料后，经形式审查作出许可决定，符合要求的，准予许可并当场作出审批决定，不符合要求的，当场一次性告知需要补充材料。作出审批决定后，依法及时向社会公开审批证书有关信息，便于公众查询，加强社会监督。
截至目前，共网上受理申报件15377件，办结14020件。政务服务“好差评”排名第3位。
